Контролът, осъществяван от Главна дирекция „Надзор на язовирните стени и съоръженията към тях“ към агенцията е целогодишен. При извършване на проверка инспекторите на главната дирекция следят за техническото състояние на водоемите, както и за изрядната им документация. При наличие на нарушение се съставят актове със срок на изпълнение, както и наказателни постановления за констатираните нередности.
